El CONEA es un organismo de Derecho Público, cuya finalidad esencial es el mejoramiento de la calidad académica y de gestión de las universidades, escuelas politécnicas e institutos superiores técnicos y tecnológicos del país, a través de los procesos de autoevaluación institucional, evaluación externa y acreditación.

El CONEA, es el único organismo público facultado por la Constitución Política de la República y la Ley, para conferir la acreditación, como certificación oficial de que una institución, carrera, programa o unidad académica del Sistema Nacional de Educación Superior, tiene claridad en su misión y visión, objetivos de calidad en sus procesos académicos, eficiencia en su gestión, coherencia entre sus propósitos y recursos y dispone de mecanismos permanentes de evaluación, investigación y planeamiento que garanticen un desempeño sostenido de calidad de la institución acreditada.

El Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación es blanco de críticas y rechazos por parte de los opositores a la nueva Ley de Educación Superior.

De acuerdo al Estudio de Evaluación de Desempeño de las universidades del país, realizado por el Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación (Conea) de acuerdo al decreto 14, para su depuración y mejoramiento de la calidad, 26 universidades del país no cumplen los requisitos mínimos de funcionamiento. El objetivo del CONEA en última instancia “mejorar la calidad de la educación, basados en la realidad de la educación ecuatoriana”. El informe que esa entidad entregó se basa en datos proporcionados por las propias universidades, explicó, dejando en claro que “esa información ha sido procesada por métodos y técnicas muy rigurosas”.